Jeremy, Aelita, Ulrich, Odd y Yumi no saben que al llevar a Eva Skinner a la fábrica abandonada le han revelado a su peor enemigo cómo acceder a Lyoko. Y no sólo a él, pues el despiadado agente del grupo terrorista conocido como Green Phoenix les estaba siguiendo. Así, cuando Jeremy reúne los mundos de Lyoko y la Primera Ciudad, X.A.N.A. recupera su antiguo poder y decide aliarse con el Green Phoenix, activando la terrible arma oculta en el corazón del mundo virtual...