El superordenador militar que acaban de reactivar transporta a Jeremy, Yumi, Ulrich y Odd al interior de Lyoko, un mundo paralelo digital habitado por X.A.N.A., una malévola inteligencia artificial que quiere controlar el mundo real. Allí cuatro amigos se encuentran además con una chica antivirus, la única arma que existe contra X.A.N.A. Se llama Aelita, y no recuerda casi nada de su pasado. Un pasado indisolublemente entrelazado con el de Lyoko y sus secretos...